Para el Torneo Invierno 1996 debutó ante Necaxa con un 2-2 y la única victoria importante se dio cuando derroto 2-1 en la capital a Cruz Azul, tiene un mal torneo consiguiendo 15 puntos aun así figura Lorenzo Sáez que se quedó a 2 goles de Carlos Muñoz campeón de goleo individual. Para el Torneo Verano 1997 se refuerza con el defensa Guillermo Rivarola y José Luis Villareal sin embargo no llegan los resultados para evitar el descenso así es destituido José Yudicca y entraAndrés Fassi para la fecha 9 consiguiendo un dramático empate ante Morelia entonces rivales directos en el descenso, no se mejora y con una derrota ante Atlético Celaya de 3-2 el 20 de abril en el Hidalgo se consuma su descenso. Pachuca se despide de primera con un triunfo ante Veracruz por 3-2 el 4 de mayo de 1997. Al final del torneo Lorenzo Sáez se proclama campeón de goleo individual con 12 anotaciones y lo comparte con Gabriel Caballero de Santos. En el Torneo Invierno 1997 Andrés Fassi guía al equipo al título luego de un buen torneo consiguiendo el segundo lugar general con 35 puntos llegando hasta la final contra Zacatecas venciéndolo 2-1, el 21 de diciembre, Para el Torneo Verano 1998 tiene otro paso importante calificando con 31 puntos como séptimo lugar queda eliminado en cuartos por San Luis, ya en la final de ascenso enfrenta a Tigrillos de la UANL derrotándolos 3-2 en el estadio Hidalgo para ascender por cuarta ocasión en su historia.